Надо кидать не в FBD, а в БД (букдизайнер). Он прекрасно берет текстовые pdf.
Правда, с курсивами и прочими болдами внутри абзацев может придется проститься и потом восстанавливать, сравнивая с исходником.

А лучше через файнридер прогнать - все форматирование сохранится прекрасно.
Только рамочки наложить (шаблон блоков), чтобы не распознавались колонтитулы и номера страниц, если они есть.
По скорости примерно одинаковые варианты.