Первое впечатление очень хорошее.
Единственное, чтобы я еще сделал, это прошелся бы скриптами "Чистка - заголовки, подзаголовки" и "Чистка - генральная уборка". Оно, конечно, не принципиально, но лишние пробелы убираются (у вас порядка 318 лишних пробелов между секциями).

Заметил несколько очипяток (после "то" нет пробела).

Поздравляю, книга получилась, ваш принцип – для вас – оказался верным. Не только разобрались с принципами построения fb2, но и сохранили структуру авторского текста.
> не стал ставить ударения
А почему? Здесь есть подсказка, как добавить знак ударение в скрипт Символы.
> дроби записал в виде 2/3
Общепринято )))
Насчет пустых строк. Читаю в основном на КПК и нефункциональные пустые строки раздражают. Например, в конце раздела или вокруг подзаголовка. С последним, такое дело: подзаголовки в читалках должны отделяться от остального текста увеличенным интервалом, и поэтому пустые строки не нужны, но соблюдают это не все читалки.
Непонятно также использование пустых строк между картинкой и подписью.
Но в данном файле присутствие «нефункциональных» пустых строк – результат вашего желания как можно точнее передать подлинник.
Таблицы: загрузил файл на КПК, ни одна таблица, даже при альбомной ориентации страницы, не читаема, поэтому ваш эксперимент с текстовой таблицей – верное решение.
Представление дополнительных таблиц в файле: возможные варианты:
1. все помещается в одно боди, в три секции, каждая содержит по три подзаголовка.
2. помещаются в примечания с помощью скрипта Примечания/Вставка с переходом, после (но только, если еще не были расставлены ссылки на рисунки) можно использовать скрипты Проверить ссылки и Унификация сносок.
Но это просто о возможностях, главное – книга получилась.
Зы: я бы в (илл. 1) сделал активным не только номер картинки, но и илл. – (илл. 1), для тыкающих в ссылки пальцем (на КПК) :)