Добрый день.

Постоянно выдает ошибку 504 ngnix gateway timeout
Причем версии ngnix выдает разные, то 1.6 то 1.10

Такое впечатление, что периодически клиентская сессия редиректися на неадекватный апликэйш. При этом сессия к нему прибивается гвоздями.
Потому что рэфрэш не помогает. Причем это проявляется на разных устройствах и разных браузерах. Приходится ждать какое-то время что бы сессия "отлипла" но и тогда не факт что тебя кинет на работающую ноду.

C https картина такая же - по нему зайти вообще не реально.

Доктор - сделайте что нибудь.