Эмиль родился в портовом городе Хайфа, на севере Израиля, в палестинской христианской семье, принадлежащей к среднему классу. В 1941 году он вступил в палестинскую коммунистическую партию и в 1944-ом стал одним из основателей и руководителей Лиги за национальное освобождение, которая вначале выступала против образования еврейского государства. Партия изменила свою позицию и поддержала план ООН 1947 года о разделе Палестины после того, как Советский Союз проголосовал за эту резолюцию Генеральной Ассамблеи. Этот план предусматривал раздел Палестины на два государства – арабское и еврейское - и Хабиби был его активным сторонником.

Первый раз Хабиби был избран в Кнессет в 1951 году и работал в комиссии по государственной службе, по конституции, законодательству и праву, и в комиссии по внутренним делам. После раскола коммунистической партии Израиля (Маки) в 1965 году, Хабиби, вместе с двумя ее членами основал новую коммунистическую партию (Раках). Он также был редактором партийной газеты.

В 1972 году, после более чем двадцати лет работы в Кнессете, он вышел в отставку, а в 1974-ом - вышла его первая книга «Странные события, связанные с исчезновением Саида Абу ан-Нахса аль-Муташаиля», трагикомическое повествование о жизни палестинца, ставшего гражданином Израиля. В 1992 году Хабиби был награжден Премией Израиля, высшей израильской наградой в области культуры, а в 1990-ом, Премией Аль-Кудс, высшей палестинской наградой в области литературы.