Тема обсуждалась Голмой около двух месяцев назад, ссылку найти не могу.

Сейчас, перед тем, как работать с текстом в ФР, я проделываю следующие операции:
- объединяю все стили сносок в один (если их всего два, то смысле объединять нет - как правило, один из них с курсивом, который при объединении может потеряться) и придаю им размер шрифта 6-7.
- каждому стилю "основной текст" придаю размер шрифта 10 (их не объединяю, поскольку при этом теряется форматирование курсивом и полужирным)
- все стили колонтитула объединяю и придаю им размер шрифта 6-7
- все стили заголовка объединяю и придаю им размер шрифта 20-26
- все стили оглавления объединяю и придаю им размер шрифта 30, курсивность и жирность.

Нажимаю "ОК" и жду, пока ФР объединит все шрифты.
Такой способ позволяет на 100% выявить неверный стиль при распознавании. В том числе, ту его часть, которая внизу страницы была распознана как сноска, - по размеру шрифта.

Метод борьбы с этими ошибками был уже описан Desenchantee. :)

Что касается самостоятельной расстановки сносок силами самого ФР, то качество этой версии хоть и намного лучше, но всё равно 100%-ной гарантии правильной расстановки нет.
Поэтому я предпочитаю пользоваться старинным методом: переношу текст сноски к слову, к которому она относится, заключая его в фигурные скобки. В ФБЕ потом эти сноски расставляются одним кликом.

В документальной литературе, где сносок очень много, сноски так не расставляю. Но после экспорта в фб2 методично - страница за страницей - проверяю сноски на наличие в боди "Примечание". Недостающие добавляю. Да, часто их текст оказывается после всего текста, но не менее часто он просто отсутствует.
При количестве сносок более 200 - этот способ всё равно более рациональный, на мой взгляд.